La coccidiose est une maladie des intestins causée par des parasites très petits, du genre Eimeria. C'est une des maladies les plus chères pour l'élevage des poulets. Elle ralentit la croissance des poulets et peut même les tuer. Les parasites deviennent de plus en plus résistants aux médicaments. Les vaccins coûtent aussi cher. C'est pourquoi les chercheurs cherchent d'autres solutions, comme choisir les poulets qui ont des caractéristiques génétiques intéressantes. Mais il faut savoir sur quelles caractéristiques des animaux il faut agir en premier. Des scientifiques de l'INRAE, avec des universités des Pays-Bas et du Royaume-Uni, ont créé un programme informatique. Ce programme simule comment la maladie se répand dans un groupe de poulets. Ils ont découvert qu'un poulet qui se débarrasse vite du parasite se protège lui-même. Il protège aussi les autres poulets du groupe.
Illustration : Effet d'une caractéristique améliorée chez un poulet sur lui-même et sur les autres animaux du groupe, d'après les simulations de l'étude.
Plusieurs caractéristiques d'un poulet influencent sa réaction à la coccidiose. Il y a sa sensibilité, c'est-à-dire sa chance d'être infecté. Il y a son infectiosité, sa capacité à rendre les autres malades. Il y a sa capacité à guérir rapidement. Il y a aussi sa tolérance, sa capacité à continuer de grandir même s'il est malade. Enfin, il y a la croissance compensatrice, sa capacité à rattraper son poids après la guérison. Les scientifiques ont voulu savoir quelle caractéristique était la plus utile pour la santé et la production d'un élevage. Ils ont regardé l'effet sur l'animal lui-même (effet direct) et sur les autres animaux (effet indirect).
Les chercheurs ont créé un modèle pour étudier la maladie. Ce modèle décrit comment chaque animal passe d'un état à un autre : sain, infecté, contagieux, guéri ou mort. Il montre aussi comment les parasites s'accumulent dans la litière. Et il explique comment l'infection affecte la croissance. Ce modèle a été ajusté avec des données réelles sur une seule espèce de parasite, Eimeria acervulina. Ils ont simulé des milliers de maladies dans des groupes de 20 poulets à croissance lente. Ils ont supposé que chaque caractéristique était modifiée par un facteur identique et choisi au hasard (exp(1), soit environ 2,7). Pour bien séparer les effets directs et indirects, la simulation a permis de calculer les résultats. Cela a été fait pour le cas d'un animal "amélioré" parmi des animaux normaux, et inversement.
Chaque caractère agit différemment
Réduire l'infectiosité des poulets d'un facteur 2,7 est le moyen le plus efficace pour limiter la contamination de l'élevage. La quantité maximale de parasites dans l'environnement est alors divisée par plus de trois. Cet effet est presque entièrement indirect. L'animal qui rejette moins de parasites ne profite pas directement de cette amélioration. Mais ses voisins sont moins souvent infectés.
La tolérance est la caractéristique qui protège le mieux la croissance. La perte de poids maximale passe de 9 % à 4 %. La mortalité disparaît complètement. Cependant, les animaux tolérants meurent moins. Ils restent donc plus longtemps porteurs du parasite. Cela augmente la circulation du parasite dans le groupe.
La capacité à guérir rapidement est la seule caractéristique qui apporte deux avantages. Le nombre maximum d'animaux infectés est divisé par deux (25 % d'animaux infectés au lieu de 50 %). La mortalité est presque éliminée. Les pertes de poids totales sont réduites de moitié. Les poids des poulets sont plus similaires à l'abattage. Cette caractéristique profite à l'animal lui-même et à ses congénères. Une sensibilité plus faible protège surtout l'animal. L'effet sur le groupe est plus petit. La croissance compensatrice a seulement un impact limité.
Ces recherches montrent qu'il faut prendre en compte les effets indirects entre les animaux. C'est nécessaire pour évaluer une stratégie de lutte contre la maladie. Une caractéristique peu visible chez un seul animal, comme l'infectiosité, peut changer le déroulement d'une épidémie. Les chercheurs conseillent aussi d'être prudent avec certaines solutions. Par exemple, certains vaccins réduisent les symptômes mais n'empêchent pas la transmission de la maladie. Les prochaines étapes sont d'inclure la génétique de ces caractéristiques. Il faudra aussi confirmer ces résultats avec des données d'élevage et d'autres espèces d'Eimeria.
Projet européen Horizon Europe EUPAHW (Partenariat Européen pour la Santé et le Bien-être Animal).
Article en libre accès (PLOS ONE) ; le code des simulations est disponible sur GitHub (github.com/MarieIthurbi/coccidiosis_simulation).